北交所股票交易佣金默认多为万分之三（0.03%），双边收取且无单笔5元最低收费，协商后可低至万分之二（0.02%）甚至更低，核心规费与刚性费用合计约万分之1.35，整体交易成本高于沪深交易所。
北交所佣金由券商收取，属于唯一可协商的浮动费用，多数券商线上默认费率在万分之三至万分之六区间，大资金或高频交易者可进一步下调。与沪深市场不同，北交所不设单笔最低5元收费，佣金完全按成交金额比例计算，小额交易成本更低，这也是北交所交易机制的重要优势。
佣金分全佣与净佣两种模式，全佣包含北交所经手费、证管费等规费，净佣则需额外叠加规费，开户时需明确确认。北交所经手费自2023年8月28日起降为万分之1.25，双边收取，证管费为万分之0.2，过户费为万分之0.1，三项固定费用合计万分之1.35，高于沪深交易所约万分之0.641的规费水平。
除佣金与规费外，北交所交易还涉及印花税，仅卖出时单边收取，费率为万分之五，由国家统一征收，不可减免。以10万元交易额为例，买入时全佣万三费用约31元，卖出时含印花税约81元，高频交易下成本差异会显著放大。
